Oktyabrın 6-sında Konqresdə edilən dəyişikliklər zamanı isə o, Xarici İşlər Naziri vəzifəsinə təyin olunur. Bakını ələ keçirmək üçün Rusiya ilə Almaniya arasında gizli saziş imzalandıqdan sonra Azərbaycan Höküməti Əlimərdan bəyi diplomatik danışıqlar aparmaq üçün İstanbula göndərir. Oğlu Rəşid də atasının şəxsi katibi kimi Nümayəndə Heyətinin tərkibinə daxil edilir. Əlimərdan bəy 1918-ci il oktyabrın 2-sindən 1919-cu il yanvarın 16-sinadək 36 rəsmi görüş keçirir. Sultan VI Mehmetlə, hərbi nazir Ənvər Paşayla danışıqlar aparır.
1918-ci il oktyabrın 30-da imzalanan Mudros sazişinin şərtlərinə əsasən, türk qoşunları Cənubi Qafqazdan çəkilməli, müttəfiqin qoşunları Bakını tutmalı idi. Ə. Topçubaşov Azərbaycan nümayəndələrinin iştirakı olmadan sazişə Bakının taleyi barədə mənbənin daxil edilməsinə etiraz əlaməti olaraq hökümət adından Türkiyə Xarici İşlər Nazirinə və müttəfiq dövlətlərin hərbi nümayəndələrinə məktub yollayır. Onun İstanbuldan göndərdiyi məktub əsasında, 1918-ci il noyabrın 8-ində Milli Şura adından Azərbaycanın Müstəqillliyinin tanınması üçün dünya dövlətlərinə müraciət qəbul edilir. 1918-ci il dekabrın 7-də Azərbaycan Parlamenti fəaliyyətə başlayır. Həmin Azərbaycan Parlamentinə sədr Əlimərdan bəy Topçubaşov seçilir. O, Azərbaycandan kənarda İstanbulda fəaliyyət göstərməsinə baxmayaraq, bu vəzifəni ona layiq görürlər.
Əlimərdan bəy Topçubaşovun İstiqlal tariximizdə böyük xidmətlərindən biri də Paris Sülh Konfransındakı roludur. Paris Sülh Konfransı 1919-cu il yanvarın 18-indən öz fəaliyyətinə başlayır. Ə.Topçubaşov sədr, Məmmədhəsən Hacınski sədr müavini təyin edilir. Ermənilər Avropa mətbuatında Azərbaycan nümayəndə heyətinə, xüsusi ilə də, Əlimərdan bəy Topçubaşova və Məhəmməd bəy Ağayeva qarşı güclü təbliğat aparırlar. Yanvarın 20-sində İstanbula yola düşən nümayəndə heyətinə Fransa hökuməti Parisə gəlmələri üçün viza vermədi. Bununla əlaqədar Ə.Topçubaşov Türkiyə, İran, Rusiya, ABŞ, Böyük Britaniya, Fransa diplomatları və nümayəndələri ilə görüşlər keçirmiş, onlara Azərbaycanın siyasi və iqtisadi vəziyyəti haqqında məlumat vermiş, Azərbaycanın bir müstəqil dövlət kimi öz ölkələri tərəfindən tanınmasına köməklik göstərmələrini xahiş etmişdir. Ə.Topçubaşovun başçılığı ilə memorandum hazırlandı və Böyük Britaniya ali komissarı admiral Vebbə təqdim edildi. Düz üç aydan sonra 1919-cu il aprelin 22-də Azərbaycan nümayəndə heyəti Ə.Topçubaşovun rəhbərliyi ilə Parisə yola düşdü. Azərbaycan nümayəndələrinin ən başlıca müvəffəqiyyətlərindən biri dövrünün görkəmli siyasi xadimi ABŞ prezidenti Vudro Vilsonla görüş olmuşdur.
1919-cu il mayın 28-də ABŞ prezidenti V.Vilson Ə.Topçubaşovun rəhbərliyi ilə Azərbaycan nümayəndələrini qəbul etdi. V.Vilson onları əmin etdi ki, “…bundan sonra Azərbaycan xalqı öz azadlıq və müstəqilliyini qoruyub saxlamaq işində böyük Amerikanın köməyini və yardımını alacaqdır”. Ə.Topçubaşovun bilavasitə iştirakı ilə hazırlanmış “Qafqaz Azərbaycanı Respublikasının nümayəndələrinin Paris sülh memorandumu” sülh konfransının katibliyinə təqdim edildi. Azərbaycan nümayəndə heyəti öz fəaliyyətlərini daha da genişləndirərək Gürcüstan, Latviya, Estoniya, Şimali Qafqaz, Belorusiya, Ukrayna nümayəndələri ilə birlikdə 1919-cu il iyunun 13-də, iyulun 7-də, oktyabrın 8-də Paris sülh konfransı sədrinə bəyannamə, məktub göndərdi. 1920-ci il yanvarın 15-də Azərbaycan nümayəndələrindən Ə.Topçubaşov və M.Məhərrəmov, Gürcüstan nümayəndələrindən İ.Sereteli və Z.Avalov Fransa Xarici İşlər Nazirliyinə dəvət edildilər. Siyasi mühacirətin görkəmli xadimlərindən biri kimi Ə.Topçubaşov Fransa rəsmi dairələrinin nümayəndələri ilə görüşərək Azərbaycanın işğalına son qoyulması uğrunda mübarizədə milli qüvvələrə yardım edilməsi məsələsini qaldırmış, ikitərəfli əlaqələrə dair problemləri müzakirə etmişdir. Ə. Topçubaşov 1934-cü il noyabrın 5-ində Parisin Sen-Deni rayonunda vəfat etmiş və Müqəddəs Kloud qəbristanlığında dəfn olunmuşdur.
